De Protestantse Waddengemeente Texel is in 2004 ontstaan uit de samenvoeging van de Gereformeerde kerk en de Nederlands Hervormde Waddengemeente.
Op 1 mei 2004 besloten de Nederlands Hervormde kerk, de Gereformeerde kerken in Nederland en de Evangelisch-Lutherse kerken in Nederland tot officiële vereniging. Daarmee kwam een einde aan het Samen op Weg proces dat ruim veertig jaar had geduurd.
Op 4 februari 2002 was er een afscheidsdienst in de Gereformeerde Kerk. Voorgangers waren Ds. Caroline der Nederlanden en Ds. Evert-Jan Vledder.
Daarna liepen gemeenteleden in een optocht naar de Hervormde Kerk (Maartenskerk). Daarbij werden meegenomen o.a. de Kanselbijbel, Avondmaalstel, de Paaskaars, Doopschaal. De kerkelijke eigendommen werden in het kerkgebouw samengevoegd.